■ 過去２０年間の注目論文
チルド食品の変敗と低温細菌（乳酸菌）
本記事は、チルド食品の変敗と低温細菌（乳酸菌）に関するものです。 30°C の培養温度では検出できない低温細菌を、16S rRNAアンプリコンシークエンス解析（細菌叢解析）によって明らかにした結果を紹介します。以前、別記事で、ベルギーのゲント大学のポカソス博士らが、30°C 培養では、低温細菌を計測できず、微生物数を過小評価していることを示した論文を紹介しました。本記事はその続編です。
バイオリズムとウィルス感染
今回紹介する論文は、ウィルスへの感染には人の体内時計（バイオリズム）も密接に関わっている証拠を示す論文です。朝の方が夕方よりもバイオリズムとの関係でウィルスに感染しやすいようです。
ノロウィルスの感染力を調べるボランティア実験
ヒトの感染症では、動物と異なり、直接的に感染病原体に感染させる実験はほとんど行われません。しかし、ヒトを感染病原体に感染させる実験が行われる場合もあります。今回紹介する論文はその一つです。ノロウィルスの感染力（感染用量）を直接ヒトボランティア感染実験によって調べた例です。米国ベイラー医科大学のアトマー博士らの研究です
次世代シークエンサーを応用した食中毒原因細菌の解析（米国GenomeTrakrプロジェクト）の劇的成果
米国CDC、 FDA、 USDA- FSIS、 NCBIは次世代シークエンサー（NGS）を用いた食中毒細菌の全ゲノム解析のための提携を結び、Genome Trackrプロジェクトを2013年に開始しました。このプロジェクトが始まった2013年9月以降、原因食品を解明することができた食中毒事件数が急激に上昇しました。今回紹介する論文は、 Genome Trackrプロジェクト の開始前と開始後でリステリア菌による食中毒の原因究明がどれだけ改善されたかを紹介した論文です。
薬剤耐性菌（ESBL産生菌）による院内感染が病院食堂の食品からおきた
本シリーズでは薬剤耐性菌問題を、特に食品の摂取との関連の記事を中心に紹介しています。前記事では、市販の鶏肉が市中尿路感染での大腸菌の供給源になっている可能性を示す論文を紹介しました。しかし、前記事の研究はあくまでも臨床株と市販肉分離の大腸菌の遺伝子性状の比較による、間接的な推測でした。今回紹介する事例は、実際に病院の食堂で提供される食品由来の薬剤耐性菌（ESBL産生菌）が入院患者の院内感染の原因となったことを直接的に示したレポートです。
シリーズ：薬剤耐性菌問題に食品産業はどのように取り組むべきか？
今記事以降、新型コロナウィルスの次に人類を襲うと心配されているパンデミック問題を、シリーズで扱います。それは薬剤耐性菌の問題です。薬剤耐性菌の問題は感染症の問題にとどまらず、外科手術での事前感染予防対策や、免疫がん療法など、幅広く、甚大な影響を及ぼすと想定されています。2050年頃には薬剤耐性菌による死者数は、現在の癌患者数以上になるとの推計もあります。このように、薬剤耐性菌の問題は極めて深刻であり、食品産業界においても取り組まなくてはならない問題です。したがって、この問題をシリーズ化して扱います。
ISO基準の一般生菌数(30°C、72時間）検査方法で、低温細菌や変敗・腐敗乳酸菌はどれくらい測定できているのか？
一般生菌数の測定は、米国（AOAC方式 、35°C48時間 ）とEU(ISO方式、30 °C 72時間）に２分されています。ISO方式では米国の方式よりも培養温度を低くして長い時間を培養しています。その理由として、低温細菌をできるだけ拾いたい背景があるからだと別記事で述べました。しかし ISO方式 でも低温細菌は検出には不十分です。 ISO方式 の一般生菌数測定法では、低温細菌や変敗・腐敗乳酸菌を果たしてどれくらい測定できているのでしょうか？
RNAウィルス変異株出現の理由と仕組みー中程度の免疫弱者がウィルスの変異株の出現と拡大原因となりやすい
前記事で、なぜノロウィルスの変異株が出現するのかの仕組みとして、長期感染の免疫弱者に関する論文を紹介しました。しかし、ウイルスの変異株の誕生と変異ウイルスが自然界に拡大する現象は区別して考える必要があります。今回紹介する論文は、RNAウイルスの変異株の出現、およびその後の選択圧（宿主の免疫力）と自然界での拡大の関係を理論的に提示したものです。ウィルス研究者の間で何度も引用をされている重要論文です。
糞便系大腸菌群は衛生指標菌として信頼できるか？
今回紹介する論文は、水道水における糞便系大腸菌群の指標菌としての妥当性の是非をめぐる、いくつかの論文での論争です。水道水において糞便系大腸菌の衛生指標としてはたしてどれだけ信頼できるのかについて、数年前に、２つの相反する結論を主張する論文が出版され、注目されました。今回はこの２つの論文を紹介します。
ウィルスの変異株は免疫力が低下した回復の遅い感染者で出現しやすい
新型コロナウイルスの変異株（オミクロン株、B.1.1.529系統）が南アフリカであらたに出現し、読者の皆様も、気がかりな週末を過ごされたのではないでしょうか。そもそも、ウィルス変異とは何か、ウィルス変異の理由、仕組みとメカニズムの理解が重要です。特に、どのような状況で変異株が出現しやすいのかについて理解しておくことも重要です。